เกิดใหม่ในหมู่บ้านทราย เมื่อนินจาตัวประกอบกลายเป็นเทพแห่งพฤกษา

เรื่องราวเริ่มต้นขึ้นด้วยโศกนาฏกรรมครั้งใหญ่ เมื่อเขาได้กลับชาติมาเกิดใหม่ในหมู่บ้านซึนะงาคุระ ท่ามกลางทะเลทรายอันแห้งแล้ง ในฐานะ 'ฮิงาชิกาวะ ชินอิจิ' เด็กกำพร้าจากสงครามที่ไม่มีขีดจำกัดสายเลือดหรือพรสวรรค์ใดๆ ติดตัวมาเลย
เขาดิ้นรนเอาชีวิตรอดมาจนถึงวันจบการศึกษาจากโรงเรียนนินจา ในขณะที่เขากำลังถอดใจและคิดว่าตนเองคงหนีไม่พ้นการเป็นแค่ 'ตัวประกอบ' ที่ต้องไปตายในสนามรบ... ในวินาทีนั้นเอง ระบบลึกลับก็ได้ตื่นขึ้น!
แถมโชคชะตายังเล่นตลก เมื่อครูผู้ดูแลทีมของเขาก็คือ 'ปะการัง' (พากุระ/เย่ชาง) วีรสตรีแห่งหมู่บ้านทรายผู้มีชะตากรรมอันน่าเศร้า
ทว่าระบบที่เขาได้รับกลับน่าสนใจยิ่งกว่าใคร...
[ตราบใดที่คุณปลูกต้นไม้ให้มากขึ้นและขยายดินแดนสีเขียวออกไป คุณก็จะแข็งแกร่งขึ้น!]
จากนินจาในหมู่บ้านที่ขาดแคลนทรัพยากรที่สุด ชินอิจิประกาศกร้าวว่าเขาจะใช้ทักษะ 'พิฆาตมังกร' ของเขา เปลี่ยนทะเลทรายที่สิ้นหวังให้กลายเป็นโอเอซิสที่ยิ่งใหญ่ และก้าวขึ้นสู่จุดสูงสุดของโลกนินจาที่ไม่มีใครกล้าดูแคลนซึนะงาคุระอีกต่อไป!