ระบบม็อดสร้างโลก เอาชีวิตรอดสไตล์พระเจ้าสายฟาร์ม

เรื่องราวเริ่มต้นขึ้นเมื่อ Fang Li ผู้เล่นระดับเทพในเกม Minecraft ที่เคลียร์เกมผ่านม็อดต่างๆ จนกลายเป็นพระเจ้าและรู้สึกเบื่อหน่ายกับโหมดเล่นคนเดียว เขาถูกส่งตัวมายังจักรวาล Honkai: Star Rail โดยบอสที่เขาสร้างขึ้นเอง พร้อมกับพลัง "ระบบ" สไตล์คนเหลี่ยม (Minecraft System) อย่างเต็มรูปแบบ
เขาตื่นขึ้นมาบนสถานีอวกาศ Herta ในช่วงเวลาเดียวกับที่กองทัพ Antimatter Legion บุกโจมตีพอดี หลังจากพลาดท่าตายไปหนึ่งครั้ง (และฟื้นคืนชีพได้ตามกลไกเกม) เขาจึงเริ่มใช้พลัง "สร้างสรรค์จากความว่างเปล่า" (Ex Nihilo Mod) ในการร่อนกรวด ทุบหิน และคราฟต์อาวุธสุดโกงอย่างดาบ Antimatter หรือแอปเปิ้ลทองคำ
ระหว่างทางเขาได้พบกับกลุ่มตัวละครหลักจากแฝกชั่นรถไฟ Astral Express ทั้ง Dan Heng, March 7th รวมถึงฝาแฝดผู้บุกเบิก Caelus (Qiong) และ Stelle (Xing) ความฮาจึงบังเกิดเมื่อตรรกะแบบ "คนเหลี่ยม" ของ Fang Li (เช่น การเอาโล่ไม้ธรรมดามาบล็อกการโจมตีระดับบอสได้ 100%, การคราฟต์แอปเปิ้ลทองคำรักษาแผลขาดกระจุยได้ในพริบตา, หรือการเสกบล็อกทองคำตันๆ ออกมาแจก) เข้ามาปะทะกับโลกไซไฟสุดตึงเครียดของ Honkai ทำให้แก๊งรถไฟต้องปวดหัวและอ้าปากค้างไปตามๆ กัน ก่อนที่ทั้งหมดจะร่วมมือกันเตรียมรับมือกับบอสใหญ่ Doomsday Beast