ทะลุมิติโลกนินจา กับระบบโปเกมอนมาสเตอร์!

"เจียนชวน จวี๋" ทะลุมิติมายังโลกนินจาอย่างไม่คาดฝัน แต่โชคชะตากลับเล่นตลกร้าย เมื่อเขาลืมตาขึ้นมาใน "หมู่บ้านสายเลือดแห่งสายหมอก" หรือคิริงาคุเระในยุคที่โหดร้ายที่สุด
เรื่องน่าเศร้ายังไม่จบแค่นั้น... เขาคือเพื่อนร่วมชั้นของ โมโมจิ ซาบุสะ
และที่เลวร้ายที่สุด... มหาสงครามนินจาครั้งที่ 3 กำลังจะปะทุขึ้นในไม่ช้า เวทีแห่งการฆ่าฟันนี้พร้อมต้อนรับยอดฝีมือนับไม่ถ้วนให้ขึ้นมาประหัตประหารกัน
ท่ามกลางความสิ้นหวัง ยังมีแสงสว่างหนึ่งเดียวคือ [ระบบโปเกมอน] ที่ติดตัวเขามาด้วย
ด้วยพลังจากสกิลและคุณสมบัติของเหล่าโปเกมอนในตำนานอย่าง "ดาบผาชัน", "แสนโวลต์", "ลำแสงเยือกแข็ง" และ "คลื่นทะเลบรรพกาล" ทำให้เจียนชวน จวี๋ เริ่มต้นเส้นทางการดิ้นรนต่อสู้เพื่อเอาชีวิตรอดในโลกนินจาอันแสนวุ่นวาย
...แต่แล้วเมื่อเวลาผ่านไป เมื่อเขารู้ตัวอีกทีและหันกลับมามองเส้นทางที่ผ่านมา เบื้องหลังของเขากลับเต็มไปด้วยสหายร่วมรบ, อาจารย์, ลูกศิษย์ และลูกน้องนับไม่ถ้วน ทุกคนต่างจับจ้องมาที่เขาด้วยแววตาเปี่ยมความหวัง... และเปล่งเสียงออกมาพร้อมกันว่า...
"ท่านมิซึคาเงะ โปรดขึ้นครองตำแหน่งด้วยเถอะครับ!"